Яйцата се произвеждат от клоаката на кокошките носачки, а чревните микроорганизми са прикрепени към повърхността и голям брой патогенни бактерии се заразяват в замърсена среда. Проучванията за вземане на проби показаха, че 10 процента от яйцата носят салмонела на повърхността, а 64 процента от E. coli на повърхността на яйцата сериозно надхвърлят стандарта.
Микроорганизмите и патогенните бактерии на повърхността на яйцето ще навлязат в яйцето през безброй пори на черупката на яйцето и ще се размножават в големи количества, сериозно засягайки качеството на яйцето и причинявайки вреда на ядещия. Единственият начин за предотвратяване на замърсяването на яйцата е бързо почистване и дезинфекция след производството на яйцата, унищожаване на вредни бактерии, отстраняване на техните замърсители и пълно елиминиране на различни микроби и вредни вещества, които са неизбежни в процеса на производство на птици.